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Hallo,
es ist üblich und sehr sinnvoll, Module bei der Entwicklung streng in verschiedene kleine Dateien zu trennen. Erst beim Deployment bzw. der Weiterverbreitung werden diese kompiliert, also zu größeren Paketen zusammengefasst. Dafür gibt es verschiedene Lösungen, die z.B. auf make, ant, rake, jake oder ähnliche Build-Tools setzen. Im Zuge dessen kann der Code auch z.B. mit JSLint/JSHint geprüft werden und z.B. mit YUI Compressor oder Google Closure Compiler komprimiert werden. Fast alle größeren JavaScript-Projekte arbeiten so – schau dir einfach mal auf Github die Build-Scripte von jQuery und Prototype an.
Ein weiteres Thema ist das modularisierte Laden von Scripten auf der Clientseite on-demand. Aber darauf wolltest du nicht hinaus, oder? Wenn doch, kannst du dir mal LABjs und RequireJS ansehen sowie diesen Vergleich von Loading-Scripten.
Mathias