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1.) Wenn die Kreise nur als Dekoration oder "Drumherum" für Links dienen, sollte ich dann die Kreise direkt über die a-Tags realisieren?
Warum "drumherum für Links"? Warum wird der Link nicht allgemein größer? Sollte kein problem sein mit position: relative z.B. um 10 Pixel nach links oben verschieben und die höhe und breite um 20 Pixel vergrößern.
2.) Sollte ich für den "Größer-Werden-Effekt" besser CSS3 oder Javascript benutzen? Bis auf den IE bis einschließlich Version 9 wird ja Transition unterstützt. IE-User müssten dann bei der CSS3-Umsetzung auf den Effekt verzichten.
Beides - du kannst mit JavaScript testen ob die 2D-Transformation unterstützt wird, wenn nicht machst du die Animation mit JavaScript oder aber du machst die Animation für alle unterstützenden Browser und der Rest bekommt einen harten Wechsel.