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a) Ist es besser am Anfang des Scripts einmalig eine MYSQL-Verbindung aufzubauen auch wenn zwischen den einzelnen Queries Minuten oder mal übertrieben gesagt Stunden (es sind keine Stunden, ist nur ein Beispiel um mein Problem zu verdeutlichen) vergehen können. Kann es passieren das es dann zu 'MySQL-Server has gone away' Fehlern kommt?
Du hast also ein Script, das Minuten und Stunden lang läuft? In dem Fall rate ich dir dazu, die Verbindung offen zu lassen, aber trotzdem vor dem Query zu prüfen, ob die Verbindung noch existiert. Wenn nicht, wird sie eben neu geöffnet.
Was mich aber interessiert, was sind das für Scripts, die solange laufen? Wenn ich Programme brauche, die solche Laufzeiten haben, schreib ich die eher in C oder C++.