Bei mir sieht der Aufruf so aus:
php ../apigen/apigen.php \ --source . \ --destination ../path/to/docs \ --title "MyTitle" \ --allowed-html s \ --todo yes \ --deprecated yes \ --debug yes
Steht (fast genauso) in einem Shell-Script. Und erzeugt auch die Doku für Methoden. Und bei meinen Scripten funktionieren phpdoc, apigen und docblox gleich.
Da ich unter Windows aber kein PHP nutze, kann ichs da nicht testen. Kann natürlich sein, dass die php.ini irgendwelche Einstellungen hat, die Probleme machen.