Es liegt hier ein Denkfehler vor. Neue DOM-Knoten werdem vom DOM erzeugt, nicht vom Wurzelelement.
PS: XML::DOM ist überholt. Man verwendet XML::LibXML.
use XML::LibXML qw();
my $parser = XML::LibXML->new;
my $dom = $parser->parse_file('test.xml');
for my $entry ($dom->findnodes('//entry')) {
print $entry->toString;
}
my $new = $dom->createElement('entry');