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Es kann also durchaus dazu kommen, dass man ein Backup hat, das auf Application Level fehlerhaft ist, weil z. B. INSERT- oder DELETE-Vorgänge oder so zum Zeitpunkt des Backups nur teilweise vollzogen waren. Oder beim Start des Backups noch gar nicht angefangen waren.
Ich schätze mal, dass Anwender, die solche Fragen stellen, noch einen weiten Weg vor sich haben bis diese Systeme administrieren dürfen, bei denen hieraus ernsthafte Probleme entstehen.
Alle anderen werden wissen, dass zuvor die Anwendungen höflich darum gebeten werden müssen, sich zu schließen, respektive die Anwender höflich darum gebeten werden müssen, die Anwendungen zu beenden (je nach dem, wie weit man auf dem "Application Level" gehen will) und dass man mit mysqldump dem DBMS auch sagen kann: "He! Nixda mit Schreiben während des Dumpens!" (--lock-tables). Zu dem lassen sich auch die binären logfiles (im Falle von Transaktionen) behandeln. Die Frage ist natürlich auch immer, was die Anwendungen taugen. Schreiben die die Daten so weg, das Inkonsistenzen entstehen können (nutzen die also keine Transaktionen), dann ist schon sehr schwierig, dieses Problem beheben zu wollen. Man kann es dann bestenfalls versuchen zu mildern.
Das von mir erwähnte "man mysqldump" verweist ausdrücklich auf:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/backup-methods.html
und
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/backup-strategy-example.html