Hallo,
Zur Organisation in Klassen könnte ich Dir nur Vorschläge machen. Einer davon: Erstelle eine Basisklasse für DB-Zugriffe. Abgeleitet davon jeweils Subklassen für die speziellen Aufgabenstellungen. In den Subklassen stehen alle notwendigen SQL-Statements, organisiert in Methoden. In der PHP-Datei, welche die Response liefert, stehen keine SQL-Statements, da werden nur noch Methoden aufgerufen, nach vorheriger Objekterstellung.
Ich glaube dann würde ich gleich einen ORM (Object-Relational-Mapper) benutzen, gibt ja genügend fertige die sehr gut funktionieren.
Jeena