Hier zum testen und später auf dem X-Server läuft es auf Windows.
Frage wäre aber noch einmal an alle: ist das realistisch: bei 1000 Dateien nach is_file() gefragt == 14 sek?
Ich glaube, PHP wird primär für unixoide OS entwickelt und dann portiert. Um Performancefragen einzelner Funktionen unter Windows macht man sich wohl dabei (getreu dem Motto "Wer macht denn sowas?") seltener Gedanken. Ich halte den Wert unter Windows, insbesondere bei einem ohnehin belasteten Dateisystem, insoweit durchaus für realistisch.
Du wirst also eventuell nicht darum herum kommen, ggf. die Ausgaben des Befehls dir /A-d zu verarbeiten.
Das ist übrigens auch trivial.
fred