Die Aussage des Handbuch scheint mir recht missverständlich, oder wie sollten in PHP Objekte/Instanzen mit existierenden Referenzen explizit zerstörbar sein?!
Es könnte sich dabei um einen Übersetzungsfehler oder eine mittlerweile korrigierte aber noch nicht übersetzte Aussage handeln. Das Original jedenfalls ist: The destructor method will be called as soon as there are no other references to a particular object, or in any order during the shutdown sequence. Also, Referenzen auflösen führt zum Destruktor-Aufruf.
Jo, muss wohl ein Übersetzungsfehler sein. Obwohl ich mir ein "gnadenloses" destroy($instance) schonmal gewünscht hab, ich weiss nur nicht mehr in welchem Zusammenhang.)