Ich sehe das Problem auf der Archivseite, kann es aber nicht selbst nachvollziehen.
$('code br').parents('code').addClass('block'); //Codeblöcke hervorheben
In dem Code von archiv.js steht übrigens abweichend:
$('code br').parent($('code')).addClass('block');
Wenn ich auf der Konsole erstgenannten Befehl ausführe, bekomme ich die korrekten code-Elemente.