//EDIT: Noch vergessen: Ich hab das Problem mit dem IE und Firefox, unter Chrome gehts
Tja. Du willst, das z-index funktioniert? Dann verzichte darauf, Elemente über Flash-Bereiche zu legen. In Deinem Fall: Verzichte auf Flash.
Das Problem ist seit langer Zeit bekannt und nur durch die Hersteller der Browser behebbar. Offenbar haben die aber auch Probleme. bzw. werden sich nicht mehr bemühen (Flash -> HTML5). Dass ausgerechnet Google es beim Crome tut ist eine Crux.