Hallo,
Technisch ist das eh kein Problem, oder?
Nein.
.htaccess wird von deinem Apache gelesen. Solange der die Direktiven verarbeitet, ist alles in Ordnung. Leerzeilen interessieren nicht.
Bei robots.txt werden leere Zeilen ignoriert und Kommentare gibt es auch (http://de.selfhtml.org/diverses/robots.htm).
sitemap.xml ist ein ganz normales XML-Dokument und Whitespace ist zwischen vielen Elementen erlaubt und nicht signifikant.
Mathias