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Das ganze dauert bei ein paar hundert Gigabyte natürlich ne Weile. Wie könnte man das performanter machen?
Mal abgesehen davon, dass ich bei solchen Datenmengen kein PHP nutzen würde sondern ein Bash-Script oder was in C, solltest du erstmal testen, ob deine Festplatte überhaupt eine höhere Performance hergibt.
Denn wenn die Daten nicht schnell genug von der Platte kommen, hilft dir kein optimiertes Programm.