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Tach!
Wieso lädt Bootstrap die Files erst am Schluss, wenn man nicht mehr damit arbeiten kann?
Bootstrap selbst braucht Javascript-Funktionalität erst nachdem das HTML geladen ist und kann dann sehr gut damit arbeiten. Auch sonst braucht man es selten eher als der Browser DOM ready meldet. Häng also deine Scripts hinter den jQuery-Aufruf und starte deine Funktionalität wie üblich in $(function() {...});
dedlfix.