Ich habe das Problem gelöst. Anscheinend darf man die Tags nicht einzelnd hintereinander Einfügen. Man muss sie erstmal als Block kombinieren und dann ausgiben.
Hier ein Beispiel
function zeichen() {
var mnElement = document.createElementNS('http://www.w3.org/1998/Math/MathML', 'mn');
mnElement.appendChild(document.createTextNode('5'));
var mnElement2 = document.createElementNS('http://www.w3.org/1998/Math/MathML', 'mn');
mnElement2.appendChild(document.createTextNode('6'));
var mfracElement = document.createElementNS('http://www.w3.org/1998/Math/MathML', 'mfrac');
mfracElement.appendChild(mnElement);
mfracElement.appendChild(mnElement2);
document.getElementById('0').appendChild(mfracElement);
}
MFG