Tach!
Du leitest alles auf eine Datei um:
RewriteRule ^(.*)$ index.php
Inklusive der index.php? Das gibt Rekursion.
und schließt dann mittels $_SERVER['REDIRECT_URL'] im Kopf dieser Datei alle anderen Aufrufe aus.
Der Vorteil wäre, dass du dieses Verfahren über eine Datenbank steuern kannst, falls du irgendwann doch mal Ausnahmen brauchst - und glaub mir Ausnahmen braucht man IMMER.
YAGNI, vermutlich. Das ist schon recht aufwendig und ich würde das erst implementieren, wenn der Bedarf sichtbar ist.
Man muss sich aber auch fragen, ob der Lösungsweg zur (nicht näher beschriebenen) Aufgabenstellung passt. Vielleicht ist es besser das (Upload?-)Verzeichnis generell unausführbar zu machen (oder gleich ganz aus dem DocumentRoot herauszunehmen) und das eine Script anderswo hinzulegen.
Außerdem kann man es leichter testen, da man nicht immer den Server neu starten muss.
In einer .htaccess notiert braucht es keinen Neustart für (Add|Remove)(Handler|Type) oder <Files>.
dedlfix.