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Tach!
Auf Github habe ich ein Shellscript gefunden das eine MySQL DB nach SQLite migriert.
https://gist.github.com/esperlu/943776
Der größte Teil davon ist jedoch awk-Syntax. Dein Problem hat also sehr wenig mit der Shell zu tun.
Es funktioniert recht gut. Was mir jedoch aufgefallen ist:
Meine DB hat ein paar Unique Constraints. Diese werden nicht richtig umgewandelt.
Ich entnehme deinen dortigen Kommentaren, dass du die Erweiterung von multigl bereits gefunden hat. Und die erzeugt bei mir Unique-Indexe, allerdings nicht über CREATE INDEX sondern gleich in der Tabellendefinition, hinter den Feldern.
dedlfix.