Dass dein Problem mit der Ordnerstruktur zusammenhängt ist höchst unwahrscheinlich.
Bei dem Problem "Ordnerstruktur funktioniert bei Browser A aber nicht bei Browser B", würd ich als allererstes mal den Browser-Cache leeren, um diese Fehlerquelle auszuschließen.
Hast du andere mobile-Browser auch ausprobiert? Wie verhalten die sich? Laut Suchmaschine gibt es nämlich auf mobilen Geräten immer wieder mal Probleme mit Lightbox.
lg
mark