Om nah hoo pez nyeetz, ottogal!
Wie kann ich das verhindern?
_Möglicherweise_, indem du mit CSS die Navigation auf #nav > ul {display: none}
setzt. Das JavaScript wurschtelt dann die Klassen so hin, dass die „richtige“ Navigation angezeigt wird.
Leider gibt es auf der verlinkten Seite keine Demo, mit der ich das beschriebene Verhalten nachvollziehen kann. Wenn du eine deiner Seiten verlinktest, ließe sich dir konkreter helfen.
Matthias