Nimmt der Browser diese Datei in den AppCAche auch dann, wenn Diese nicht irgendwo in einem DOM-Element, beispielsweise als src eingebunden ist?
Ja. Der Browser lädt alle Ressourcen im Manifest für Offline-Zugriff herunter.
Wenn das der Fall ist, nächste Frage: Wie greife ich auf die in der Datei gespeicherten Daten zu?
Direkt gar nicht. Du referenzierst sie ganz normal, wie sonst auch. Was »normal« ist, hängt vom Dateityp ab. Bei Bildern, Scripts, Stylesheets und Fonts sollte es einleuchten. Andere Daten lassen sich z.B. mit XMLHttpRequest laden.
Mathias