ich suche verzweifelt im Internet Informationen darüber, ob und wie durch JavaScript in einer Webseite in Office-Anwendungen hineingesteuert werden kann. Über eure Infos zu dem Thema bin ich daher sehr dankbar.
Ja, wenn du zum Beispiel eine .exel-Datei herunterlädst und Microsoft Excel deine Standardanwendung für diesen Dateitypen ist, dann wird sie beim Ausführen eben mit Microsoft-Exel geöffnet. Manche Browser fragen den Nutzer vorher, ob er die Datei nur runterladen oder gleich öffnen möchte.
Du kannst aber auch Links gezielt so konfigurieren, dass sie mit Office verknüpft werden. Office stellt dazu ein eigenes URI-Format bereit. Wenn ein Browser so einem Link folgt, dann fragt er den Benutzer, mit welcher Anwendung er solche Links künftig öffnen soll und merkt sich die Einstellung. Man spricht dann von einem Protocol-Handler.
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/office/dn906146.aspx