Serverseits ... daran kann es wohl nicht liegen, da die Darstellungsprobleme hier am heimischen PC auftreten und gar kein Server oder Provider zwischen liegt.
Dann setzt dein Browser für Javascript-Dateien schlichtweg die falsche Kodierung voraus. Daran kannst du grundsätzlich nichts ändern, weil die gängigen Dateisysteme keine Kodierungsinformationen transportieren und der Browser somit nicht wissen kann, welche Kodierung eine Textdatei verwendet. Javascript selbst bietet ebenfalls keine Möglichkeit an.
Falls deine Javascript-Dateien utf-8-kodiert sind, könntest du bestenfalls versuchen, die Datei mit Byte-Order-Mark (BOM) zu speichern (sollte dein Texteditor dort anbieten, wo sich die Kodierung einstellen lässt, wahlweise auch im Speicherdialog) und darauf hoffen, dass dein Browser darauf reagiert. Alternativ musst du die Kodierung wählen, die dein Browser erwartet.
Anders geht es nicht. Insbesondere -ich wiederhole mich- hat die Kodierung der HTML-Datei nichts mit der Kodierung anderer Dateien zu tun, die der HTML-Code einbindet.