Ich halte diese Aufteilung für sehr unglücklich, denn es erweckt den Eindruck, das DOM wäre Teil der Sprache selbst, was nicht der Fall ist, zumal das Document Object Model eine Schnittstelle darstellt, beziehungsweise eine Ansammlung von Schnittstellen, und dementsprechend rein formal betrachtet unter APIs aufgeführt sein sollte.
Dem stimme ich zu. Ich würde hier eine mehrschichtige Aufteilung vorschlagen, auf oberster Ebene mit zwei Punkten: Standard APIs und Browser built-ins. Die Wortwahl ist dem ES2015-Standard nachempfunden. Unter "Standard-APIs" würden sich APIs wiederfinden, deren Semantik vom EcmaScript-Standard festgelegt wird, bswp. Object, Array, Date und Math. Unter Browser built-ins fielen in etwa das DOM oder WebGL. Bei Bedarf können diese Punkte in weitere Unterpunkte zerfallen. Das ließe sich in einem Diagramm ähnlich zu http://overapi.com/javascript/ veranschaulichen.