Hallo,
das Problem kann ich nachvollziehen. Offensichtlich haben Chrome (und auch Opera) Probleme wenn filter und transition gleichzeitig verwendet werden. Abhilfe konnte ich nicht finden. Ich würde auf transition in diesem Zusammenhang verzichten.
Wie gängig sind diese Filter eigentlich?
Solche Fragen kannst du auf der Seite caniuse klären. Für Filter z. B.
http://caniuse.com/#search=filter
Da IE filter im IE11 und sogar im Edge nicht unterstützt sollte es in der Praxis nicht verwendet werden.
Oder du müsstest schauen ob es für den IE ein sogenanntes Fallback gibt. Also eine Lösung, die dann nur im IE funktioniert und zusätzlich ins CSS eingebaut werden kann. Das kann mehr oder weniger aufwändig sein.
Gruss
MrMurphy