[...] Soweit, so kompliziert. Doch wenn im iframe ein neues Dokument geladen wird, merkt das parent-Dokument nichts davon, der iframe ist nun unnötig hoch oder bekommt Scrollbalken.
Wie Du richtig erkannt hast, hat die Lösung via iFrame nicht nur Vorteile. Der Königsweg wäre der von Auge propagierte, mittels einer dezidierten API. Nur dar man mehr als skeptisch sein, ob die ein Verein implementieren wird. Das "Script SRC" in die Seite zu knallen, geht halt irgendwie einfacher und schneller.
Die von Dir skizzierten Probleme lassen sich jedoch lösen, auch deutlich einfacher / eleganter, als von Dir beschrieben:
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/HTTP/Access_control_CORS
Ob sich das dann am Ende so richtig gut anfühlen wird? Da darf man skeptisch sein. Die Seiteninhalte springen dann ja willkürlich hin und her.