Dafür hat man beim Environment ggf. das Problem der Datenvermischung; eine .htaccess Datei enthält viel mehr als nur Config-Daten für eine bestimmte Serverinstanz. Das kann Änderungen komplizierter machen.
Um dem entgegen zu wirken, kann man die Konfiguration auch in eine eigene Datei auslagern und sie mittels include-Direktive in die VHost-Konfiguration einbetten. Das vereint die Vorteile beider Vorgehensweisen.