Dafür hat man beim Environment ggf. das Problem der Datenvermischung; eine .htaccess Datei enthält viel mehr als nur Config-Daten für eine bestimmte Serverinstanz. Das kann Änderungen komplizierter machen.
Um dem entgegen zu wirken, kann man die Konfiguration auch in eine eigene Datei auslagern und sie mittels include-Direktive in die VHost-Konfiguration einbetten. Das vereint die Vorteile beider Vorgehensweisen.
Das wieder muss man aber erst einmal dürfen.
Ansonsten bietet sich das Speichern in "/[ausserhalb von Document-Root]/server-spezische_dateien/settings-php" und dann auch ein Update vom Entwicklungs- auf den Produktivserver mit gescriptetem rsync an. Da kann man Dateien oder ganze Ordner hübsch ausschließen. Voraussetzung ist ssh auf beiden Servern und natürlich installiertes rsync.
Ronald Schaukrug