Dafür hat man beim Environment ggf. das Problem der Datenvermischung; eine .htaccess Datei enthält viel mehr als nur Config-Daten für eine bestimmte Serverinstanz. Das kann Änderungen komplizierter machen.
Um dem entgegen zu wirken, kann man die Konfiguration auch in eine eigene Datei auslagern und sie mittels include-Direktive in die VHost-Konfiguration einbetten. Das vereint die Vorteile beider Vorgehensweisen.
Das wieder muss man aber erst einmal dürfen.
Ggf. muss man sich an den Server-Administrator wenden. Ich habe noch nie erfahren, dass sich ein Admin geweigert hätte Umgebungs-Variablen zu setzen. Sollte das mal vorkommen, würde ich ein Hoster-Upgrade in Erwägung ziehen.
Ansonsten bietet sich das Speichern in "/[ausserhalb von Document-Root]/server-spezische_dateien/settings-php"
Auch dafür benötigst man Berechtigungen, die der Server-Adminstrator einem einräumen muss.
und dann auch ein Update vom Entwicklungs- auf den Produktivserver mit gescriptetem rsync an. Da kann man Dateien oder ganze Ordner hübsch ausschließen.
Kennst du schon git? Das ist rsync auf Steroiden: Neben der Synchronisation von Dateien und Ordnern, wird auch eine Versionshistorie verwaltet. Es ermöglicht außerdem die Anbindung an Kollaborations-Platformen wie https://github.com und CI-Services wie https://travis-ci.org/ und https://scrutinizer-ci.com/