Für ein Backup-Programm kann das auch durchaus sinnvoll sein, wenn man mehr als nur die eigenen Benutzerdaten sichern will. Denn da kommt einem so die eine oder andere Config-Datei vor die Flinte, die root gehört und für Otto Normaluser nicht lesbar ist. Oder auch ein ganzes Verzeichnis.
Soweit richtig, ich würde es in dem Fall aber splitten. Also Benutzerdaten aus dem eigenen Home als Benutzer sichern und für alles andere (was sich nicht als normaler Benutzer sichern lässt) nochmal ein eigenes Profil als root anlegen. Denn die Benutzerdaten sollten wesentlich häufiger gesichert werden als der ganze Rest.
Ich mache es mittlerweile so, dass ich als root nurnoch /etc und /usr/local (da hab ich selbst geschriebene Skripte und selbst compilierte Programme drin) sichere. Alles andere kommt eh aus der Konserve (Ubuntu Repositories) und muss nicht gesichert werden. Statt dessen sichere ich mit jedem Snapshot als Benutzer die Informationen mit, die gebraucht werden um ein frisch neu installiertes System wieder auf den aktuellen Stand zu bringen (sprich alle Programme wieder installiert). Dafür gibt es auch ein user-callback und auch einen FAQ Artikel zum Sichern und einen zum Wiederherstellen