Hm, ist die Db überschaubar groß würde ich es auch so machen. Sprich ein Script per Cronjob, was beide Datenbanken vergleicht und fehlende Daten in der Zweiten nachträgt.
Vergiss nicht, abhängige Anwendungen zu sperren. Webseiten sollten den Status 503 "Service Unavailable" liefern. Nicht dass Google dann kaputte Seiten als Suchergebnis liefert. Das ist eine böse Blamage.
Insgesamt ist das keine gute Idee. Der vorgeschlagene externe Vergleich der Daten (in einem Skript) dauert lange und Du kannst nicht feststellen, ob auf dem Zielsystem Daten gelöscht wurden oder nie da waren. Schau also zu, dass Du alle Daten auf einem Datenbankserver hast, das ist auch der Sinn von den Dingern.