PHP-CLI soll Script für unterschieldiche DOCUMENT_ROOTs ausführen

[Google weiß alles]

Dann bietet es sich an, vor dem Ausführen des Skriptes, also dem Start von PHP schlicht und einfach in das Verzeichnis zu wechseln:

cd /sonstwohin; php skript.php

Dadurch wird es doch aber nicht mit den lokalen INI-Einstellungen der zugehörigen Domain (des Virt Hosts) ausgeführt? Das wäre aber die Voraussetzung!

Wenn es in /sonstwohin eine php.ini gibt, die für den ausführenden Benutzer lesbar ist, dann laut Doku schon:

Seit PHP 5.3.0 bietet PHP Unterstützung für Konfigurations-INI-Dateien auf Verzeichnisebene an. Diese Dateien werden nur nur durch die CGI/FastCGI-SAPI verarbeitet. Durch diese Funktionalität wird die htscanner-PECL-Erweiterung obsolet.

Hint: phpinfo() zeigt auch die gelesenen ini-Dateien an.

Hast Du Zweifel, dann ist php -c /verzeichnis/mit_php.ini/ oder php -c /pfad/zur/ini-Datei eine stabile Lösung.