Ich steige da leider selber noch nicht ganz durch, inwieweit Virtual-Host-Umgebungen mit veränderten session.save_path berücksichtigt werden...
Dann lass Dir helfen. Ich habe meine ärmlichen Englisch- und Shellkenntnisse mal benutzt und die Skripte verschiedener Linux- und PHP-Versionen gelesen.
In allen von mir gefundenen Varianten werden nur php.ini in bzw. unterhalb von /etc/php oder /etc/php5 berücksichtigt. Teilweise wird nach bestimmten Unterverzeichnissen (z.B. apache2, php[5], php[5]-fpm gesucht.) Teilweise wird der Pfad zum sessionsavedor UND die maxlifetime aus dort befindlichen php.ini-Dateien ausgelesen. Teilweise wird php mit der oder den verschiedenen php.ini gestartet und mit Skriptlets gefüttert, welche die Einstellungen zurückgeben.
Teilweise findet das in /usr/lib/php[5]/maxlivetime UND /usr/lib/php[5]/sessionclean, teilweise NUR in /usr/lib/php[5]/sessionclean statt.
In einer anderen gefundenen Variante ist der Pfad zum Session-Dir fest in /usr/lib/php5/sessionclean notiert.
Fazit:
In allen Varianten gilt also: Was nicht in /etc/php[5]/php.ini oder /etc/php[5]/*/php.ini steht wird nicht berücksichtigt. Das ist auch der kleinste Nenner.