Auf diese Art zu messen, ist schwierig. Selbst, wenn die DB nicht aus Cache arbeiten kann (was sich mittels flush query cache auch komfortabel verhinderen lässt), kann Dir das BS noch mit Caching einen Strich durch die Rechnung machen.
Besser ist, man sichtet das slow-query.log und optimiert die Abfragen, setzt passende Indizes... Dazu schaut man sich auch gerne den Execution-Plan mittels "EXPLAIN..." an.