Hallo,
von ein paar java-basierten Spezial-Anwendungen abgesehen, gibt es kaum Unterschiede. Die üblichen PHP-MySQL Anwendungen haben keine Probleme, sofern (!) sie mit den neuen PHP-Versionen laufen.
Man sollte bloß nie beides (MySQL & MariaDB) mischen, das gibt Chaos.
Auch wenn Debian 9 ein MariaDB Paket mitbringt, kannst du wahrscheinlich besser direkt das MariaDB Paket vom Hersteller installieren: https://downloads.mariadb.org/
Grüße