Bei meinem PHP Framework habe ich das genauso gemacht wie das in Perl seit Urzeiten üblich ist:
Die Klassenhierachie wird in der Verzeichnisstruktur abgebildet und der Name einer Klasse beeinhaltet den Pfad zur Datei einschließlich Dateiname ab dem Verzeichnis welches initial für die ganze Library festgelegt wurde. Beispiel: class Admin_Explorer
ist die Datei Explorer.php
im Verzeichnis Admin
das sich direkt unterhalb des [include] Verzeichnisses befindet. Dann klappts auch mit der Automatisierung.
Schönen Sonntag!