Lass mich raten: Vom Apache 2.2 auf 2.4 umgestiegen?
Wie Du ja schon herausgefunden hast, stehen die 404er (Not Found) im Falle der Deault-Konfiguration nur noch im access-log. Das macht auch Sinn.
Wer es dennoch so wie früher haben will, z.B. auf einem Entwicklersystem, der kann sich beim LogLevel was anderes einstellen.