Ich hatte keine Lust, Chosen zu installieren, aber möglicherweise ist Chosen verwirrt, weil dein Code zwei Options mit selected hinterlässt.
Probier es mal so:
$("#location option").removeAttr('selected');
$("#location option:last").after($('<option value="'+ data.id +'" selected>'+ data.name +'</option>'));
$("#location").trigger("chosen:updated");
Rolf