hmm: GUI erstellen, herangehensweise: Pixel auf untersterebene?

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Hallo,

ich schreibe gerade eine GUI, leider in JavaFX. Grafischeelemente kann ich dort u.a. in Pane's anordnen, die jeweils Links, Rechts, Oben, unten und Zentrum besitzen, dort habe ich einen sogenanten Linechart eingestellt, ein ganz normales Koodinatensystem mit x und y Achse. In diesem Koordinatensystem kann ich Punkt-Elemente per Double Koordinanten eintragen. Nun möchte ich aber einige Linien von den Punkten zur x-Achse zeichen, dass problem ist, dass dies nur geht indem ich Line-Elemente direkt per Pixelangabe anordne. Leider Passen die Pixeleingaben nicht zu den Koordinanten eingaben so dass ich diese Quasi umrechnen müsste. Alternativ könnte ich auf unterster Programmierebene etwas schreiben, dass sich irgendwie um die anordnung der Elemente kümmert.

Frage: Wie würdet ihr hier vorgehen? Ich überlege auch, auf das koordinantensystem zu verzichten und Quasi ein eigenes zu schreiben um dann die GUI per verschachtelten Pane's aufteilen zu können.

so sieht die gui aktuell aus: Aktuelle GUI

die linie die nach unten geht soll von dem schwarzen kleinen punkt aus nach unten gehen.