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Rolf bÜberraschender ist, dass DI in einem Controller einwandfrei funktioniert, in einem anderen aber nicht.
Wie jetzt - im gleichen Projekt? Beide Controller mit der gleichen Superklasse?
Wenn es einmal MVC und einmal Web-API wäre, dann ist es logisch, die haben unterschiedliche Factories.
Mit der Konsolen-Anwendung hast Du kein Framework mehr im Spiel - wie instanziierst Du denn da den Controller?
Gruß_Rolf_