Ich hatte mal ein ähnliches Problem und habe das gelöst, indem ich eine environment variable gesetzt hatte. In etwas so:
RewriteCond %{ENV:REDIRECT_ENV} !^.+$
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(.+?)\.example\.com$
RewriteRule ^(.*)$ /%1/$1 [L,E=ENV:%1]
Das sollte foo.example.com/bar umleiten auf example.com/foo/bar. Wenn du grundlegend verschiedene Domains hast müsstest du das natürlich entsprechend umbauen.