file() liefert den Inhalt der Datei als Array, jede Zeile ist ein Array-Element. Ich vermute mal, Du erwartest, dass diese Funktion in Deiner einen Zeile ein Array erkennt, was de Fakto nicht der Fall ist. Tipp: Wenn Du Arrays in Dateien speichern willst, nimm serialize(). Dann kannst Du die Arrays auch wieder herstellen.
MfG