Der Grundgedanke ist meines Erachtens zwar richtig, allerdings dürfte dass nicht die Ursache für alle 40% der nicht getrackten Transaktioen sein. Bei anderen Kunden liegt die Abweichung vom Online-Shop Backend zum Google Analytics-System bei maximal 5-10%.
Das lässt sich möglicherweise mit der Kundschaft deines Kunden erklären.
Die Kunden lassen sich dann mit dem Shopangebot erklären. Schnellregel: Je Technik-affiner um so mehr Adblock bzw. Trackingverweigerung.