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Um eine sehr große Sequenz einzulesen muss der Kopf i.d.R. auch sehr oft auf der Platte hin- und herspringen. Die Datei liegt normalerweise ja in Clustern auf der Platte, die in der Praxis selten direkt hintereinander liegen.
Diese Annahme ist im wesentlichen falsch, moderne Dateisysteme verhindern Fragmentierung durch geschickteres Ablegen von Dateien (und verschieben derselben, wenn der vorgeplante Erweiterungsplatz nicht mehr ausreicht; deswegen u.a. existiert der standardmäßige 5% für den root-User reservierte Speicherplatz auf einer Partition) und NTFS unter Windows wird standardmäßig regelmäßig defragmentiert (und fragmentiert auch weniger als früher und deutlich weniger als FAT davor).
Es ist auch kaum anzunehmen, dass sich die gesamte Datei bereits serialisiert im RAM befindet.
Auf einem dedizierten Datenbankserver wird ein Großteil des RAM genau dafür verwendet.
TS