Die übliche Verwendung (auch die sinnvolle, sofern man bei Bootstrap überhaupt von sinnvoll sprechen kann) dürfte eine andere sein: Man ändert die Werte der von Bootstrap bereitgestellten Variablen im Sass-Code (manche mögen gar noch LESS verwenden), um sie an die eigenen Bedürfnisse anzupassen. Das heißt: jedes Projekt hat einen anderen kompilierten Bootstrap-CSS-Code; nichts mit CDN.
Wäre es nicht geschickter, die eigenen Bedürfnisse zu überschreiben? Der Letzte gewinnt doch.