Regina Schaukrug: Ganz anderer Vorschlag

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Besserer Vorschlag:

Füge der Tabelle eine Spalte 'invalid' (Typ: bolean, default: false) hinzu. Lass die indexieren. Setze bei Deiner Prüfung invalid ggf. auf true.

Welche Prüfung?

Na Deiner Prüfung auf "kaputte" Daten, also "inhaltliche Fehler".

Bei allen Abfragen ergänze die Where-Clausel: where ... and invalid=false

Verstehe ich leider nicht. Wie gesagt, es geht um inhaltliche Fehler, nicht um sql-Fehler.

Ja. Dann werden die markierten Datensätze (die mit inhaltlichen Fehlern) ignoriert und Du kannst diese untersuchen ggf. reparieren, ggf. löschen, ohne die Datenbank zu leeren und alles neu einzulesen.