Besserer Vorschlag:
Füge der Tabelle eine Spalte 'invalid' (Typ: bolean, default: false) hinzu. Lass die indexieren. Setze bei Deiner Prüfung invalid ggf. auf true.
Welche Prüfung?
Na Deiner Prüfung auf "kaputte" Daten, also "inhaltliche Fehler".
Bei allen Abfragen ergänze die Where-Clausel:
where ... and invalid=false
Verstehe ich leider nicht. Wie gesagt, es geht um inhaltliche Fehler, nicht um sql-Fehler.
Ja. Dann werden die markierten Datensätze (die mit inhaltlichen Fehlern) ignoriert und Du kannst diese untersuchen ggf. reparieren, ggf. löschen, ohne die Datenbank zu leeren und alles neu einzulesen.