Untersuche zu erst in einer SSH-Sitzung auf dem Webserver, ob SSI überhaupt nötig ist:
grep -Ri '<!--#include' ./ grep -Ri '<!--#if' ./ grep -RiP '<!-- *#' ./
Keine Funde? Dann brauchst Du das nicht und kannst es einfach weglassen.
Falls doch: Zeige mir die Funde und poste Deine aktuelle .htaccess vollständig und ohne jede Veränderung.
Ich weiß gar nicht wie sowas geht.
OMG.
Hast Du noch nie mit Putty eine Verbindung zum Webserver aufgebaut?
<?php
header( 'Content-Type: text/plain' );
echo `grep -Ri '<!--#include' ./`;
echo `grep -Ri '<!--#if' ./`;
echo `grep -RiP '<!-- *#' ./`
lege das als test0815.php auf dem Server ab, führe es durch Abruf im Browser aus, poste hier die Ergebnisse und lösche die Datei gleich wieder.