Also ist nicht (nur) die Verschlüsselung, sondern auch der Zugriff über rclone an sich ein Flaschenhals.
Ist der Zugriff über rclone das Problem, oder vielleicht vielmehr der Zugriff auf den Webdienst allgemein? Es macht ja einen Unterschied ob das Programm das die Daten schiebt bremst, oder ob der Server bremst.