Kommt drauf an...

[Raketenwissenschaftler]

Vermutlich würde ich sogar zu:

$sys = "sort -u 'original.csv' 1>'unique.csv' 2>'logfile.txt'; echo $?";

greifen. Ist nach einem

$err = intval(`$sys`);

in $err etwas anderes als 0, dann ging was schief und Du kannst in logfile.txt nachlesen was oder sogar einen Error triggern:

trigger_error( file_get_contents( 'logfile.txt' ), E_USER_ERROR );