Hi,
ich kann dir nur wärmstens empfehlen, dich an die gängigen (Community-) Standards bzgl. Verzeichnisstrukturen und Includes zu halten. PHP: The Right Way, darin insb. PSR-4, sollten dir Anhaltspunkte geben. Auch folgender Link könnte dir helfen, ein paar der Grundkonzepte hinter modernem Code zu verstehen: https://symfony.com/doc/current/introduction/from_flat_php_to_symfony.html
VG Matti