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Eine weitere Möglichkeit für einen nur scheinbaren Performanceverlust kann sein, dass bei den Tests vor dem Update die Daten aus den Abfragecache kamen.
Der wurde in MySQL 8.0 entfernt, weil er in größeren Umgebungen (Galera, Replikation, Multicores) oder bei hoher Arbeitslast schlicht kontraproduktiv war.
Um sich sicher zu sein müsste man also mit beiden Versionen unter wirklich gleichen Bedingungen testen.
Möglicherweise willst Du die Datenbanken auf InnoDB umstellen.
In MariaDB hingegen kann man den Query-Cache unter Umständen noch nutzen.
Rolf B